MATLAB|mri核磁共振数据|slice切片展示

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好玩的matlab
: L. _  I+ ?# x0 c7 L带你解锁不一样的matlab新玩法

# d. w# T* K. W, }% C, W好久没有写推文了，今天整理 以 slice切片的形式展现mri脑核磁共振数据喜欢此推文的小伙伴们记得点赞+关注+分享！
效果图
8 r/ }. R* C* _4 _2 X1 {7 x6 Q

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) g8 z; U  L" B9 K5 f! N/ `

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8 c2 H# C: y' M; e8 @; J' _$ a: {9 C/ m
将多个图像帧以矩阵形式显示

% 加载数据clc;clear;close all;load('mri.mat')figuremontage(D,map)
# ]* D' J% ^1 S/ L5 y( X$ b0 b

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$ U. ^  F6 C* q  D6 c0 u横截面视图
# C8 x6 B. c' X5 N  |

%% 切片（横截面视图）% 改变数据格式D = double(squeeze(D));D(D==0)=nan;%% 为了探索，从这组中绘制几个MRI图像（水平切片）% 布局图形；指导使用随数据集提供的颜色图figurem=colormap('turbo');colormap(m);% 查看水平切片whichSlices = 3:4:27;slice(1:128,1:128,1:27,D,[],[],whichSlices);shading interp;
! p8 G  W7 O8 b6 J, ]' r+ O4 W% e, j% |% 设置视图zoom(1.2);campos([-706 -778  111]);zlim([1 25]);ax = gca; % 获取当前坐标轴句柄grid on;  % 打开网格线box on;   % 显示坐标轴边框ax.LineWidth = 1;            % 设置坐标轴线宽ax.XMinorTick = 'on';        % 打开x轴次要刻度线ax.YMinorTick = 'on';        % 打开y轴次要刻度线ax.ZMinorTick='on';          % 打开z轴次要刻度线ax.TickDir = 'out';          % 设置刻度线方向向外ax.GridLineStyle = '--';     % 设置网格线样式为虚线ax.FontSize = 14;            % 设置坐标轴字体大小

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; f. q2 b6 U- v& y* \3 U8 W
创建具有不同方向的切片组合
( g. ~; `) z4 W# g* p* C; ^3 J$ p

%% 创建具有不同方向的切片组合figure;% 选择一种颜色图，反转它使得低值是浅色的m=colormap('jet');m = m(end:-1:1,:);colormap(m);% 制作切片h=slice(1:128,1:128,1:27,double(D),63,40,[1:5:25]);shading interp; axis tight;% 设置透明度，使得低值不可见set(h(1),'alphadata',squeeze(double(D(90,:,:))),'facealpha','interp'); alim([0 2])set(h(2),'alphadata',squeeze(double(D(:,50,:))),'facealpha','interp'); alim([0 2])set(h(3),'alphadata',squeeze(double(D(:,:,1))),'facealpha','interp'); alim([0 2])set(h(4),'alphadata',squeeze(double(D(:,:,15))),'facealpha','interp'); alim([0 2])% 设置视图daspect([128 128 27]);campos([-637 366 177]);ax = gca; % 获取当前坐标轴句柄grid on;  % 打开网格线box on;   % 显示坐标轴边框ax.LineWidth = 1;            % 设置坐标轴线宽ax.XMinorTick = 'on';        % 打开x轴次要刻度线ax.YMinorTick = 'on';        % 打开y轴次要刻度线ax.ZMinorTick='on';          % 打开z轴次要刻度线ax.TickDir = 'out';          % 设置刻度线方向向外ax.GridLineStyle = '--';     % 设置网格线样式为虚线ax.FontSize = 14;            % 设置坐标轴字体大小

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8 @  l  _+ o0 r6 S
( N" D+ P, l+ ^6 g探究其他横截面
0 Y6 ~# [* s# s2 ]

%% 探究其他横截面figure;hold on;view(3);m=colormap('turbo');colormap(m);% 定义想要旋转的切片hslice = slice(1:128,1:128,1:27,double(D),[],[],15); shading interp; axis tight;% 旋转切片rotate(hslice,[-1,0,0],-35);% 从旋转的切片中提取x，y和z数据xd1 = get(hslice,'XData');yd1 = get(hslice,'YData');zd1 = get(hslice,'ZData');% 删除旋转的切片delete(hslice);% 使用提取的数据调用切片函数h=slice(1:128,1:128,1:27,D,xd1,yd1,zd1); shading interp; axis tight;% 设置其透明度也对应数据值set(h,'alphadata',squeeze(D(:,:,15)),'facealpha','interp'); alim([0 2])% 声明两个其他水平切片h=slice(1:128,1:128,1:27,D,[],[],[1 18]); shading interp; axis tight;% 设置额外切片的透明度set(h(1),'alphadata',squeeze(D(:,:,1)),'facealpha','interp'); alim([0 2])set(h(2),'alphadata',squeeze(D(:,:,18)),'facealpha','interp'); alim([0 2])% 设置视图zlim([1 27]);box oncampos([-710.945 617.6196 126.5833]);ax = gca; % 获取当前坐标轴句柄grid on;  % 打开网格线box on;   % 显示坐标轴边框ax.LineWidth = 1;            % 设置坐标轴线宽ax.XMinorTick = 'on';        % 打开x轴次要刻度线ax.YMinorTick = 'on';        % 打开y轴次要刻度线ax.ZMinorTick='on';          % 打开z轴次要刻度线ax.TickDir = 'out';          % 设置刻度线方向向外ax.GridLineStyle = '--';     % 设置网格线样式为虚线ax.FontSize = 14;            % 设置坐标轴字体大小

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+ R$ j5 y7 Q8 n' S4 S
非平面切片

%% 非平面切片 % 添加一个边界切片figure;m=colormap('turbo');colormap(m);h=slice(1:128,1:128,1:27,double(D),[],[],[1 13 18]); shading interp; axis tight; hold on;set(h(1),'alphadata',squeeze(double(D(:,:,1))),'facealpha','interp'); alim([0 2])set(h(2),'alphadata',squeeze(double(D(:,:,13))),'facealpha','interp'); alim([0 2])set(h(3),'alphadata',squeeze(double(D(:,:,18))),'facealpha','interp'); alim([0 2])% 创建你想要投影的表面[xsp,ysp,zsp] = sphere;% 缩放并转移你的表面% 使其覆盖数据区域hsp = surface(30*xsp+60,30*ysp+60,10*zsp+13);% 获取数据xd = get(hsp,'XData');yd = get(hsp,'YData');zd = get(hsp,'ZData');% 删除临时表面delete(hsp)% 作为切片命令的一部分绘制表面hslicer = slice(1:128,1:128,1:27,squeeze(D),xd,yd,zd);shading interp;% set(hslicer,'alphadata',squeeze(double(D(:,:,18))),'facealpha','interp'); alim([0 2])% 设置视图axis tight view(-103.5,28);
ax = gca; % 获取当前坐标轴句柄grid on;  % 打开网格线box on;   % 显示坐标轴边框ax.LineWidth = 1;            % 设置坐标轴线宽ax.XMinorTick = 'on';        % 打开x轴次要刻度线ax.YMinorTick = 'on';        % 打开y轴次要刻度线ax.ZMinorTick='on';          % 打开z轴次要刻度线ax.TickDir = 'out';          % 设置刻度线方向向外ax.GridLineStyle = '--';     % 设置网格线样式为虚线ax.FontSize = 14;            % 设置坐标轴字体大小
" J+ |' p" {/ `" q

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滑块交互式切片

%% 滑块交互式切片figure('units','normalized','position',[.35 .36 .29 .54]);set(gcf,'color',[1 1 1],'paperpositionmode','auto');s = volumeVisualization(1:128,1:128,1:27,double(D));ax = gca; % 获取当前坐标轴句柄grid on;  % 打开网格线box on;   % 显示坐标轴边框ax.LineWidth = 1;            % 设置坐标轴线宽ax.XMinorTick = 'on';        % 打开x轴次要刻度线ax.YMinorTick = 'on';        % 打开y轴次要刻度线ax.ZMinorTick='on';          % 打开z轴次要刻度线ax.TickDir = 'out';          % 设置刻度线方向向外ax.GridLineStyle = '--';     % 设置网格线样式为虚线ax.FontSize = 14;            % 设置坐标轴字体大小
% 添加uicontrol用于xannotation('textbox',[.75,.1388,.06,.05],'String','X','fontweight','bold','linestyle','none');hSliderx = uicontrol(...    'Units','normalized', ...    'Position',[.79 .13 .2 .05], ...    'Style','slider', ...    'Min',s.xMin, ...    'Max',s.xMax, ...    'Value',s.xMin, ...    'tag','x',...    'userdata',s,...    'Callback',@volVisSlicesUpdateSliderPosition);
2 m3 j# B* M! t8 _# D0 s7 @% 添加uicontrol用于yannotation('textbox',[.75,.0788,.06,.05],'String','Y','fontweight','bold','linestyle','none');hSlidery = uicontrol(...    'Units','normalized', ...    'Position',[.79 .07 .2 .05], ...    'Style','slider', ...    'Min',s.yMin, ...    'Max',s.yMax, ...    'Value',s.yMin, ...    'tag','y',...        'userdata',s,...    'Callback',@volVisSlicesUpdateSliderPosition);
% 添加uicontrol用于zannotation('textbox',[.75,.0088,.06,.05],'String','Z','fontweight','bold','linestyle','none');hSliderz = uicontrol(...    'Units','normalized', ...    'Position',[.79 .01 .2 .05], ...    'Style','slider', ...    'Min',s.zMin, ...    'Max',s.zMax, ...    'Value',s.zMin, ...    'tag','z',...        'userdata',s,...    'Callback',@volVisSlicesUpdateSliderPosition);
& r. j5 }8 N) {; l6 e+ w5 x. E: E  y

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$ v2 N2 j9 r' h- -THE END- -
源码下载：gitee下载：https://gitee.com/iDMatlab/slice-demo-mri
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参考资料：
* u' D3 V; ]! X! u% n" V【1】https://www.mathworks.com/help/releases/R2021b/images/ref/montage.html【2】https://www.mathworks.com/help/releases/R2021b/matlab/ref/slice.html