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【高级绘图】画一个SCI论文里的柱状图(文末送书)

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发表于 2022-2-28 11:20:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
点击上方蓝字和“好玩的matlab”一起快乐的玩耍吧
# K# Z: t1 M1 H3 q8 @6 R9 ^

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3 C! G1 ^9 D4 d' n; A. N( d" c+ K
好玩的matlab
! ?) w# Q4 B; \; k" c$ W, W带你解锁不一样的matlab新玩法
. T" ~/ h2 N7 i8 V* B
! O5 {# G3 F7 M' N喜欢此推文的小伙伴们记得点赞+关注+分享2 K( T, _) m7 k5 z- O8 y
相信大家都绘制过柱状图,可是大家绘制的柱状图真的好看嘛~现在来看看SCI论文里面的柱状图是什么样的。以下是来自science2020[1]论文里的配图,接下来手把手带大家用MATLAB来复现一下这两个柱状图。5 W/ a7 U& A' B; T

7 g5 ]9 B9 E$ \; R

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5 Q0 O8 h8 n! m& u, w
效果  b* x* O( ]( \, n; L  o
% J' E" R' H3 r0 s  q8 U; `
左边是复现的图,右边是原图。虽然不是一模一样,但大部分元素还是复现出来了。# f8 F0 k4 B  Q5 `& |
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绘制要素% B  b7 W. V* j7 ~" b+ n5 ]

, x- A' S& H% |" G# u
  • 第一个绘图要素:颜色
    0 X3 C) n& K& v0 J3 G" I4 L看到这张图,首先映入眼帘的是啥呢?当然是颜色了!颜色配的好,作图就成功了一大半。首先要获得图片里的颜色~
  • 第二个绘图要素:数据
    3 \# q, C) ?7 x' ]. L作图数据是必不可少的,但你要画图的画,你肯定已经有数据了。当然小编没有这篇SCI论文里的数据,所以就仿造了一点数据。
    ) ~4 v/ x5 H: O
  • 第三个绘图要素:框架
    9 I: J* e) V( y2 ^4 S* X! \9 D3 P
             所谓画图的框架,也可以称为画图的函数吧,明显可以看出这不是          一张简单的柱状图,它还叠加了误差图,散点图,需要用到三个                     MATLAB里面的绘图函数,bar,errorbar,scatter。知道了这三个要素咱            就可以开始画了。
    % E  c  c7 M0 m! d7 a$ o
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    1、取色
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    7 E4 f0 h" z- D, v
    3 ?7 L# [; [+ E) b8 S, [5 m
    还是使用和【图片配色】那篇推送一样的方法,还没有看过的可以去看一眼,要想复现出一样的图,肯定先得拿出这张图的颜色。2 V& x* [1 c, x  }0 e

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    + c" w) p# j+ y6 G0 s# z# I  P8 [, U

    : |* L7 q5 E+ _* Y! ], S1 l那么问题来了,这张图有几种颜色呢?
    4 X( O0 [$ l8 o- d4 P当然是7种颜色了,注意散点图和柱状图边缘颜色是不一样的奥。用以下代码取色图片就是上面的截图,运行之后在图片不同颜色点处打点,完了之后按enter,颜色就自动取出来了。0 O* o0 _" r9 I8 w( X
  • % 公众号:好玩的MATLABhua=imread('1.png');figure(1)imshow(hua);[c1,c2]=getpts; %选择颜色点c1=ceil(c1); %将选点的位置化为整数c2=ceil(c2);for i=1:length(c1)    color(i,:)=hua(c2(i),c1(i),:);endcolor=double(color);color=color/255;+ i7 H& J- d' l6 p9 `6 f$ x$ k
    以下就是取出的七种颜色了,建议把它记录下来,省得下一次麻烦。记录下来的颜色变量如下8 U$ O. D$ L5 i2 b; [& ~* E6 e, Y
  • color=[0.717647058823529,0.682352941176471,0.741176470588235;...    0.807843137254902,0.792156862745098,0.890196078431373;0.580392156862745,...    0.525490196078431,0.729411764705882;0.392156862745098,0.345098039215686,...    0.470588235294118;0.560784313725490,0.533333333333333,0.741176470588235;...    0.372549019607843,0.282352941176471,0.600000000000000;0.0156862745098039,...    0.0196078431372549,0.0156862745098039];  {1 i/ H) e; `+ p' z% D
    ( g. Y6 }5 _5 n( Z( |" p

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    # @0 H, Q# J  H' x# U2、数据
    , X, }0 z+ V  @" ]6 e8 f- [9 K
    1 e$ O3 m) {, E+ o5 }" s1 s1 Q* v8 [3 ^9 a6 G/ w" }, P
    这张看起来小小的柱状图,包含的数据信息还真不少呢。以下是根据原图自拟的数据,凑合着用。8 O+ \  V+ Z# U( l3 D' G0 X  @4 j
  • % 公众号:好玩的MATLABy=[28,34,18];%柱状图纵坐标x=[1,2,3];     %柱状图横坐标%散点图的横纵坐标s1{1,1}=[0.9,0.95,0.95,1,1,1.05,1.1,1.1];s1{1,2}=[1.85,1.9,1.95,2,2,2,2,2.2];s1{1,3}=[2.7,2.7,2.95,3,3,3,3,3,3.2,3.2,3.2];s1{2,1}=[18,24,36,30,42,20,29,38];s1{2,2}=[26,22,24,30,38,42,48,50];s1{2,3}=[9,19,8,12,18,24,30,40,10,17,19];low=[4,3,3]; %误差图的上限high=[3,2,1]; %误差图的下限
    9 [/ D( S( [; Z+ R! [9 v, C, L8 U- {

    0 y1 I, Z' B6 N; J3 v/ H0 u! c* T  n! q9 K3 ^" r
    3、画图
    2 f( s" r9 m! d: l0 ]
    - k& _, |. Z7 d( k: p. |
      _# h( Z' T2 g7 ^" ]1 初始化显示位置
    0 g! k% `0 ~) V8 i# I2 a0 n) x3 q; R
    看起来不起眼的一点实则非常重要,可以根据论文的大小来设置图片的大小,很大程度上可避免后期拖拉图片造成的字体变形,不清晰等问题。
    % S$ [/ W/ E: d2 `4 @" V
  • %%初始化显示位置 [x,y,dx,dy] 从 x,y坐标开始,dx,dy为沿升的长度figure('Units', 'pixels', ...    'Position', [100 100 360 375]);) w, {2 B& H, a% }- p) I
    2 循环画图和配色) k) }& I' W2 J: U

    ( e! Q4 `' \# V. w' q   设置柱状图的宽度让柱状图间隔大一点,注意柱状图的填充颜色和边缘颜色是需要区分开来的。其他改变画图的标记都在下面了~。8 Q; z& a5 M1 ?! T4 u
  • width=0.6; %柱状图宽度for  i=1:length(y)   %bar(i,y(i),width) width 柱状图宽占比  ,FaceColor 柱状图填充颜色 ,EdgeColor 柱状图边缘颜色   % LineWidth  边缘线宽    set(bar(i,y(i),width),'FaceColor',color(i,:),'EdgeColor',color(i+3,:),'LineWidth',2)   hold on      %散点图 大小,填充颜色   scatter(s1{1,i},s1{2,i},60,'filled','MarkerFaceColor',color(i+3,:))      %在柱状图 x,y 基础上 绘制误差 ,low为下误差,high为上误差,LineStyle 误差图样式,'Color' 误差图颜色     % 'LineWidth', 线宽,'CapSize',误差标注大小   errorbar(i, y(i), low(i), high(i), 'LineStyle', 'none', 'Color', color(i+3,:), 'LineWidth', 1.5,'CapSize',18);end- C/ ]4 V: a2 l. S$ J% R- A
    3 坐标和字体的设置
    , [# ]" U  i" Z! ^4 ?
    ' `+ R/ R* J* ?6 V, h1 t& H" h坐标和字体的适当配置可以大大增加作图的颜值9 i4 ?" D- c) k  m% B& |
  • %绘制虚线plot([0,3.5],[50,50],'--','Color',color(7,:),'LineWidth',2)ylabel('Time on Warm Floor(%)')ax = gca;%x轴标签ax.XTick = [1 2 3];set(gca,'XTickLabel',{['\color[rgb]{',num2str(color(4,:)) ,'}','Pre-Injection'],['\color[rgb]{',num2str(color(5,:)) ,'}','1 hr CFA'] , ['\color[rgb]{',num2str(color(6,:)) ,'}','1wk CFA']},"LineWidth",2);%y轴标签ax.YTick= 0:20:80;%y轴范围ax.YLim=[0,80];%使得只显示x,y轴两根线box off%坐标轴字体和大小set(gca,"FontName","Times New Roman","FontSize",12,"LineWidth",2)title("TPT Timecourse","FontName","Times New Roman","FontSize",12,"LineWidth",2);+ M0 }0 U# f6 H' Q4 J! j9 ~* D
    运行代码,就可以得到这样一张图,还是还原了大部分原图的。+ g- O. y2 A: y& C: r4 Q. y) u

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    两幅图完整源码
    ; |- S+ _$ S/ C( V9 j5 \, ^
    ) J5 Z, b. n/ [# z  G0 R$ O* X7 f
    8 ?: s. T2 i; ?1 m
  • clc;color=[0.717647058823529,0.682352941176471,0.741176470588235;...    0.807843137254902,0.792156862745098,0.890196078431373;0.580392156862745,...    0.525490196078431,0.729411764705882;0.392156862745098,0.345098039215686,...    0.470588235294118;0.560784313725490,0.533333333333333,0.741176470588235;...    0.372549019607843,0.282352941176471,0.600000000000000;0.0156862745098039,...    0.0196078431372549,0.0156862745098039];% 颜色1
    & ^& e! \0 x6 h5 B& Y7 ~" p9 A6 Sy=[28,34,18];%柱状图纵坐标x=[1,2,3];     %柱状图横坐标%散点图的横纵坐标s1{1,1}=[0.9,0.95,0.95,1,1,1.05,1.1,1.1];s1{1,2}=[1.85,1.9,1.95,2,2,2,2,2.2];s1{1,3}=[2.7,2.7,2.95,3,3,3,3,3,3.2,3.2,3.2];s1{2,1}=[18,24,36,30,42,20,29,38];s1{2,2}=[26,22,24,30,38,42,48,50];s1{2,3}=[9,19,8,12,18,24,30,40,10,17,19];low=[4,3,3]; %误差图的上限high=[3,2,1]; %误差图的下限8 }2 t: k* E4 X& x) Y, R
    %%初始化显示位置 [x,y,dx,dy] 从 x,y坐标开始,dx,dy为沿升的长度figure('Units', 'pixels', ...    'Position', [100 100 360 375]);6 E9 m# r' h: S' D6 p, H+ V
    width=0.6; %柱状图宽度for  i=1:length(y)   %bar(i,y(i),width) width 柱状图宽占比  ,FaceColor 柱状图填充颜色 ,EdgeColor 柱状图边缘颜色   % LineWidth  边缘线宽    set(bar(i,y(i),width),'FaceColor',color(i,:),'EdgeColor',color(i+3,:),'LineWidth',2)   hold on      %散点图 大小,填充颜色   scatter(s1{1,i},s1{2,i},60,'filled','MarkerFaceColor',color(i+3,:))      %在柱状图 x,y 基础上 绘制误差 ,low为下误差,high为上误差,LineStyle 误差图样式,'Color' 误差图颜色     % 'LineWidth', 线宽,'CapSize',误差标注大小   errorbar(i, y(i), low(i), high(i), 'LineStyle', 'none', 'Color', color(i+3,:), 'LineWidth', 1.5,'CapSize',18);end( Y# n/ d2 F4 u) y% f# `
    %绘制虚线plot([0,3.5],[50,50],'--','Color',color(7,:),'LineWidth',2)ylabel('Time on Warm Floor(%)')ax = gca;%x轴标签ax.XTick = [1 2 3];set(gca,'XTickLabel',{['\color[rgb]{',num2str(color(4,:)) ,'}','Pre-Injection'],['\color[rgb]{',num2str(color(5,:)) ,'}','1 hr CFA'] , ['\color[rgb]{',num2str(color(6,:)) ,'}','1wk CFA']},"LineWidth",2);%y轴标签ax.YTick= 0:20:80;%y轴范围ax.YLim=[0,80];%使得只显示x,y轴两根线box off%坐标轴字体和大小set(gca,"FontName","Times New Roman","FontSize",12,"LineWidth",2)title("TPT Timecourse","FontName","Times New Roman","FontSize",12,"LineWidth",2);
    " i# S: A# z. }

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    & f6 o, q2 z- K/ p3 E" ~4 y: i1 n6 i9 G. B- u) H! e* F( [5 F  U6 P
  • clc;clear;close allcolor=[0.741176470588235,0.729411764705882,0.725490196078431;0.525490196078431,...    0.623529411764706,0.752941176470588;0.631372549019608,0.803921568627451,...    0.835294117647059;0.588235294117647,0.576470588235294,0.576470588235294;...    0.0745098039215686,0.407843137254902,0.607843137254902;0.454901960784314,...    0.737254901960784,0.776470588235294;0.0156862745098039,0.0196078431372549,0.0156862745098039];% 颜色1% C# t* L$ S6 w+ I
    %第二个图的y坐标y1=[18,48,38];x=[1,2,3];%第一图的散点图位置{1,}为横坐标,{2,}为纵坐标s2{1,1}=[0.7,0.75,1,1,1,1.05,1.25,1.25];s2{1,2}=[1.85,1.9,1.95,2,2,2.05,2.1,2.2];s2{1,3}=[2.7,2.75,2.95,3,3,3,3,3,3.2,3.2,3.2];s2{2,1}=[8,18,36,18,24,30,17,18];s2{2,2}=[49,51,50,68,52,51,52,50];s2{2,3}=[30,50,20,24,38,40,50,54,58,48,50];low=[4,3,3];high=[3,2,1];figure('Units', 'pixels', ...    'Position', [100 100 360 375]);%初始化显示位置marker={'^','o','s'};width=0.6; %柱状图宽度for  i=1:length(y1)   set(bar(i,y1(i),width),'FaceColor',color(i,:),'EdgeColor',color(i+3,:),'LineWidth',2)   hold on   scatter(s2{1,i},s2{2,i},70,'filled',marker{1,i},'MarkerFaceColor',color(i+3,:))   errorbar(i, y1(i), low(i), high(i), 'LineStyle', 'none', 'Color', color(i+3,:), 'LineWidth', 1.5,'CapSize',18);end%绘制虚线plot([0,3.5],[50,50],'--','Color',color(7,:),'LineWidth',2)ylabel('Time on Warm Floor(%)')ax = gca;ax.XTick = [1 2 3];set(gca,'XTickLabel',{['\color[rgb]{',num2str(color(4,:)) ,'}','CFA-con'],['\color[rgb]{',num2str(color(5,:)) ,'}', 'CFA-mon'] , ['\color[rgb]{',num2str(color(6,:)) ,'}',' CFA-Angle']},"LineWidth",2);% ax.XTickLabels ={'CFA-con', 'CFA-mon', ' CFA-Angle'};ax.YTick= 0:20:80;ax.YLim=[0,80];box off%坐标轴字体和大小set(gca,"FontName","Times New Roman","FontSize",12,"LineWidth",2)title({'TPT';'opQ' },"FontName","Times New Roman","FontSize",12,"LineWidth",2);$ C+ L2 S) H: f

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    END7 G( j$ V, X) {6 ~) Q
    # y4 o0 ^/ l# k6 `* L! c
    . T0 f( H3 U1 \; e* I7 l( `' ]
    参考资料:/ a* R# l/ B( M. L# [* o
    【1】图片来源(sciencemag.org)【10.1126/science.abe3040】: W: j7 Z9 H8 e9 b
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    2 y6 L0 e' K2 o  O9 g

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