MATLAB｜层次聚类热力图｜文末送书

硬件电子工程师 · 发表于 2023-4-8 15:21:00

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好玩的matlab
带你解锁不一样的matlab新玩法

今天教大家怎么利用Matlab画层次聚类热力图，喜欢此推文的小伙伴们记得点赞+关注+分享！
效果图

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0 T7 k5 H: a( Y3 O, R( a 1t2f10jwquq64018953506.png ( L& b% l8 ^4 E2 s# E6 a' o1 ?" O	" _5 ?9 ^, c' r* i" c( ~7 v4 m bffa1gvgv4e64018953606.png / ?7 p" P$ e) T6 j2 _

代码简介

这个代码绘制的图包含两个树状图（dendrogram）和一个热图（heatmap）。
树状图（dendrogram）：是一种树形图，用于表示基于距离的层次聚类过程。它可以展示X和Y数据之间的相似性和关联性。在这个代码中，左侧面板显示X数据的树状图，顶部面板显示Y数据的树状图。
热图（heatmap）：是一种以颜色编码的方式显示矩阵数据的可视化方法。矩阵的每个单元格根据对应的数据值被填充上相应的颜色。热力图颜色表示XY数据的相关性大小，热力图用Surf 的第二视角展现。

全部代码

% 清除屏幕clc;clear;close all;
%@author:好玩的Matlab
% 加载数据load("data.mat")% data=round(rand(30,30)*8);
% 计算距离并生成树状图[zGenes, zSamples] = computeDendrograms(data);
% 绘制树状图和热图plotDendrogramsHeatmap(data, zGenes, zSamples);
% 计算距离并生成树状图function [zGenes, zSamples] = computeDendrograms(data)zGenes = linkage(pdist(data'));zSamples = linkage(pdist(data));end
% 绘制树状图和热图function plotDendrogramsHeatmap(data, zGenes, zSamples)% 设置绘图参数figure('units', 'normalized', 'Position', [0.5641, 0.2407, 0.3807, 0.6426]);mainPanel = axes('Position', [.25, .08, .69, .69]);leftPanel = axes('Position', [.08, .08, .17, .69]);topPanel = axes('Position', [.25, .77, .69, .21]);
img=imread('./pic/pic7.jpg');[ind,map] = rgb2ind(img,6);% 颜色排序 https://stackoverflow.com/questions/2245842/sorting-colors-in-matlab/2246189#2246189map = rgb2hsv(map);map = sortrows(map, [-1 -3 2],'ascend'); %# sort first by Hue, then by valuemap = hsv2rgb(pink);cMap=makeColorMap(map,30);
% 设置颜色映射colorMap = colormap('jet');colorMap = colorMap(end:-1:1, :);colormap(colorMap);
% 绘制树状图axes(leftPanel);h = dendrogram(zSamples, 'orient', 'left','ColorThreshold','default');set(h, 'color', [0, 0, 0], 'linewidth', 2);axes(topPanel);h = dendrogram(zGenes, 0,'ColorThreshold','default');set(h, 'color', [0, 0, 0], 'linewidth', 2);
% 获取树状图的排序并绘制热图sampleOrder = str2num(get(leftPanel, 'yticklabel'));geneOrder = str2num(get(topPanel, 'xticklabel'));axes(mainPanel);surf(data(sampleOrder, geneOrder), 'edgecolor', [.8, .8, .8]);view(2);set(mainPanel, 'Xticklabel', [], 'yticklabel', []);
% 调整坐标轴set(leftPanel, 'ylim', [1, size(data, 1)], 'Visible', 'Off');set(topPanel, 'xlim', [1, size(data, 2)], 'Visible', 'Off');axes(mainPanel);axis([1, size(data, 2), 1, size(data, 1)]);
% 添加注释axes(mainPanel);xlabel('X', 'Fontsize', 18, 'FontName', 'Times New Roman');colorbar('Location', 'northoutside', 'Position', [0.0584, 0.8761, 0.3082, 0.0238]);annotation('textbox', [.5, .87, .4, .1], 'String', 'test', 'Linestyle', 'none', 'fontsize', 18);
% 显示坐标轴标签set(leftPanel, 'yaxislocation', 'left');set(get(leftPanel, 'ylabel'), 'string', 'Y', 'Fontsize', 18, 'FontName', 'Times New Roman');set(findall(leftPanel, 'type', 'text'), 'visible', 'on', 'FontName', 'Times New Roman');
% 设置图形参数set(gcf, 'color', [1, 1, 1], 'paperpositionmode', 'auto');end

- -THE END- -
源码下载：gitee下载：

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参考资料：
【1】https://www.mathworks.com/help/releases/R2021b/stats/dendrogram.html【2】https://stackoverflow.com/questions/2245842/sorting-colors-in-matlab/2246189#2246189

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*一部分 LaTeX 简介
*1 章初识LaTeX........1
1.1 认识LaTeX........1
1.1.1 历史简介 1
1.1.2 编辑工具 2
1.2 基本结构.......3
1.2.1 *一个LaTeX 文档 3
1.2.2 正文段落 7
1.2.3 数学公式 11
1.2.4 图形表格 13
1.2.5 幻灯片 15
1.3 延伸学习·......17
1.3.1 命令和环境 17
1.3.2 错误调试 18
*二部分 LaTeX 的核心内容
*2 章文本........21
2.1 文字·.......21
2.1.1 语言 21
2.1.2 文字 22
2.2 符号......24
2.2.1 特殊符号 25
2.2.2 标点符号 26
2.2.3 抄录 27
2.2.4 着重号 29
2.2.5 空格 30
2.3 字体字号......32
2.3.1 字体 32
2.3.2 字号 36
2.3.3 大小写转换 39
2.3.4 间距 40
2.4 段落.......42
2.4.1 缩进和换行 43
2.4.2 文本对齐 44
2.4.3 行间距 46
2.4.4 首字下沉 48
2.4.5 图文环绕 50
2.4.6 文本环境 52
2.4.7 列表环境 53
2.4.8 定理环境 58
2.4.9 代码环境 61
2.4.10 行号 71
2.4.11 分栏 75
2.4.12 盒子 80
2.5 标题·.....82
2.5.1 文章标题 83
2.5.2 浮动体 90
2.5.3 图/表标题 92
2.6 版式.......97
2.6.1 页眉页脚 97
2.6.2 页码 102
2.6.3 脚注 104
2.7 索引·.......108
2.7.1 目录 108
2.7.2 引用 111
2.7.3 参考文献 113
2.8 文档和页面·......118
2.8.1 页面 119
2.8.2 文档类型 126
第3 章数学公式·......128
3.1 数学符号·.....128
3.1.1 常用字符 129
3.1.2 运算符 131
3.1.3 连字符 136
3.1.4 箭头 136
3.1.5 带帽字符 138
3.2 公式环境·.......140
3.2.1 初识公式 140
3.2.2 amsmath 宏包 141
3.3 括号·......150
3.3.1 定界符 150
3.3.2 方程组 152
3.3.3 矩阵 154
3.4 常用形式......157
3.4.1 根号 157
3.4.2 常用公式形式 159
3.4.3 极限角标 160
3.4.4 交互图 163
3.4.5 分式 164
3.4.6 案例集合 167
3.5 格式调整........170
3.5.1 字体 170
3.5.2 字符尺寸 172
3.5.3 公式空间 174
3.5.4 序号 176
第4 章表格........181
4.1 表格环境.......182
4.1.1 array 宏包 186
4.1.2 表格宽度 190
4.2 跨行跨页·.....194
4.2.1 行列合并 194
4.2.2 表格跨页 198
4.3 表格色彩.......206
4.3.1 文字颜色 206
4.3.2 表格背景 207
4.3.3 边框色彩 210
4.3.4 表格边框 214
4.4 扩展........219
4.4.1 进制数对齐 219
4.4.2 添加标注 222
4.4.3 对角线 225
第5 章图形·.....228
5.1 认识图形·.....228
5.1.1 简单边框 228
5.1.2 线条 235
5.2 插图......238
5.2.1 插入图片 239
5.2.2 插入PDF 文档 245
5.2.3 图像小标题 248
5.2.4 图像上添加标注 252
5.2.5 图文环绕 253
5.2.6 页面背景 254
5.3 绘制图形.·......256
5.3.1 线条控制 257
5.3.2 线条样式 265
5.3.3 箭头 268
5.3.4 节点 271
5.3.5 tikz 宏包仓库 275
5.4 颜色控制·.......278
第三部分幻灯片的制作
第6 章幻灯片.......281
6.1 基本结构........281
6.1.1 frame 286
6.1.2 头部和底部 289
6.1.3 背景 290
6.1.4 布局 291
6.2 主题...·..293
6.2.1 样式主题 293
6.2.2 色彩主题 294
6.2.3 字体主题 295
6.2.4 内部主题和外部主题 296
6.3 模块......298
6.3.1 文本 298
6.3.2 列表 301
6.3.3 分栏 305
6.4 动画.......307
6.4.1 pause 命令 308
6.4.2 overlay 覆盖 310
6.4.3 帧作用命令 312
第四部分自定义LaTeX 的命令和环境
第7 章定制LaTeX ·.....315
7.1 宏编辑·.......315
7.1.1 定义命令 315
7.1.2 定义环境 318
7.1.3 条件判断 319
7.1.4 建立宏包 321
7.2 扩展·......326
7.2.1 外部工具 326
7.2.2 资源 329
参考文献·.....330
一、公众号送书（3本）

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